تتكون إدارة الوكالة الجهوية لتنفيذ المشاريع من مدير يدير أعمالها ويشرف على تنفيذ الأنشطة المتعلقة بها، وكذا على عدد من الأقسام والمصالح التي تعمل تحت إشراف المدير. وفقًا للهيكل التنظيمي التالي: